Historia 

San Marcos al ser fundado en el siglo XVI, se le conocía como El Barrio y se le levantó un templo donde funcionaría la Iglesia Católica consagrada a San Marcos Evangelista, de donde el departamento tomó su nombre, por haber sido puesto bajo la advocación de San Marcos.

Fue creado como departamento por el acuerdo que dice:

Palacio de Gobierno: Guatemala mayo 8 de 1866, habiendo tomado en consideración la solicitud hecha por la municipalidad de San Marcos, para que el distrito de este nombre fuese elevado al rango de departamento: atendiendo a que el nombre de distrito que llevan hasta el día de hoy algunas divisiones territoriales de la república, la que tuvo su origen en un sistema que ya no existe; y -Considerando así mismo, que el régimen político militar, judicial y económico es actualmente uniforme en la república. -El Presidente -En uso de las facultades que le da el decreto del 9 de septiembre de 1839, tiene a bien acordar: -Que los territorios de San Marcos, Huehuetenango, Petén, Izabal y Amatitlán, que han conservado la denominación de distritos, se les dé en lo sucesivo la de departamento, debiendo en consecuencia sus autoridades tomar las mismas denominaciones que usan las de los otros departamentos de la república, sin que ninguno de ellos conserve dependencia de otro en su régimen político y administrativo. -Comuníquese a quien corresponda y publíquese en la Gaceta Oficial.

El señorío de los mam se extendía desde Huehuetenango hasta el departamento de San Marcos, a donde Pedro de Alvarado mandó al capitán Juan de León Cardona a someter la región con un ejército integrado por cincuenta soldados españoles y algunos tlascaltecas.

La mayor parte del actual territorio de San Marcos perteneció al corregimiento de Quetzaltenango durante la colonia.

El departamento de San Marcos formó parte del Sexto Estado de los Altos y de todos los intentos y movimientos para la formación del aquel Estado, que luego fracasó después de su segundo intento en 1840, que tambien frustrados por el entonces presidente mestizo Rafael Carrera y Turcios. El 8 de mayo de 1849 se firmó un convenio entre el General Mariano Paredes, Presidente de la República y el General Agustín Guzmán en la ciudad de Antigua Guatemala. A través de dicho convenio los territorios separados se reincorporaron a la nación guatemalteca. Para 1892 el departamento tenía 24 municipios.

Algunos de los poblados de San Marcos se asentaron sobre pueblos prehispánicos ubicados en esas áreas, como en San Pedro Sacatepéquez, siendo este la primera cabezera del Departamento de San Marcos. Otros fueron fundados, o reducidos durante la Colonia, los cuales se mencionan en las crónicas de la época. Las comunidades de la costa y bocacosta surgieron con el auge cafetalero entre 1870 y 1920, cuando avanzó el empuje de esta tierra.

San Marcos fue el departamento de Guatemala que resultó con las mayores pérdidas materiales y humanas durante elterremoto de Guatemala del miércoles 7 de noviembre de 2012 a las 10:35:47 hora local (16:35:47 UTC), movimiento telúrico con una magnitud de 7.5 grados en la escala de Richter. La tragedia en el departamento dejó como cauda 30 muertos, más de diez mil personas damnificadas y cerca de dos mil viviendas demolidas, así como decenas de edificios con daños severos. Diez de las víctimas, todas de una sola familia, fallecieron soterradas en el municipio de San Cristóbal Cucho.

Demografia 

San Marcos tiene una población de 905 116 personas, de los cuales un 66.5 por ciento vive bajo la línea de pobreza -592 421 personas- y un 19.9 por ciento es considerado dentro de la categoría de pobreza extrema -180 519 personas